Sul lato sinistro della Collegiata sorge il Battistero di San Giovanni, ricavato in una torre dell'antica rocca.
All'interno è visibile il ciclo di affreschi rappresentante le storie del Battista, capolavoro della maturità di Masolino da Panicale, datato 1435.
In esso il pittore pone i personaggi vestiti con abiti quattrocenteschi in una ambientazione a lui contemporanea, collocando tra di loro, oltre a se stesso e al cardinale Branda, anche il re Sigismondo d'Ungheria, Filippo Scolari, Niccolò III d'Este, Leon Battista Alberti.
Di particolare rilievo, sono la Predica, il battesimo di Gesù, il Banchetto di Erode, la Consegna della testa di Giovanni a Erodiade.
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Fuori dal Battistero, si trovano il calco in gesso del coperchio del sarcofago del cardinal Branda e il piccolo Museo della Collegiata.
Ritornati sul sagrato, avete sotto di voi l'Olona e, dall'altra parte della valle, Gornate Olona.