La presenza dei benedettini nel territorio varesino è testimoniata dalle tre abbazie di San Donato a Sesto Calende, di San Michele a Voltorre e di San Gemolo a Ganna.
Fondate nell’arco di circa trecento anni tra la metà del IX secolo e l’inizio del XII, esse costituirono un importante strumento di controllo del territorio, allo scopo di contenere la potenza di Milano.
Nate, o diventate durante l’arco della loro storia, indipendenti dal vescovo milanese, tutte e tre sono ubicate nel territorio di confine tra le diocesi di Milano, Como, Pavia e Novara, nei pressi del Seprio, forte centro di potere laico del territorio altomilanese, e lungo le vie di comunicazione tra il capoluogo e il nord Europa.
Per la loro posizione strategica, furono non solo al centro di aspre lotte, ma ebbero un importante ruolo di controllo del territorio, di cui condizionarono sviluppo e benessere.
L’ordine monastico dei benedettini, fondato nel 529 da San Benedetto da Norcia (480 ca-547) a Montecassino, affiancava ai precetti spirituali per la glorificazione di Dio il lavoro manuale, che assunse una importanza sconosciuta nelle regole monastiche precedenti: comprendeva la coltivazione e la bonifica dei campi, l’attività artigianale, la trascrizione dei codici e lo studio.
Purtroppo negli anni successivi alla sua fondazione, la regola perse gran parte del rigore iniziale voluto dal suo fondatore. Così nacque un movimento per riportare l’ordine a una più stretta osservanza. Esso ebbe uno dei suoi centri presso l’abbazia di Cluny, che contribuì efficacemente alla riforma della chiesa nel secolo XI.
Risale a quest’epoca (o agli anni immediatamente successivi) la fondazione delle abbazie di Ganna e Voltorre, che furono dipendenti dall’abbazia di San Benigno di Fruttuaria (oggi San Benigno Canavese, tra Biella e Torino), fondata nel 1003 dall’abate cluniacense Guglielmo da Volpiano (nato nel 961 nell’Isola di San Giulio sul lago d’Orta).
Tale abbazia, indipendente da Cluny, giocò una parte importante nella lotta per il controllo del territorio varesino.
Infatti, nel 962 l’imperatore Ottone I (912-973) aveva concesso ampie rendite a Valperto, arcivescovo di Milano, per guadagnare la sua alleanza allo scopo di limitare il controllo di Castelseprio sulle vie di comunicazione verso i passi alpini.
La diocesi di Milano vedeva così accresciuta la propria influenza e finì con l'attribuire ai vassalli dell’arcivescovo l’esazione delle decime, sostituendo la preesistente organizzazione imperiale.
L’avvento dei benedettini nel nord Italia fu visto allora dalle popolazioni locali, e in particolare dai miles varesini (vale a dire l’ultima propaggine dell’organizzazione imperiale per il controllo del territorio), come lo strumento per contrastare la sempre più oppressiva politica arcivescovile.
Ciò spiega la scelta dei proprietari locali di donare benefici territoriali all' abbazia di Fruttuaria, nel tentativo di sottrarre il territorio al controllo dell’arcivescovo. La distribuzione territoriale di tali benefici mostra chiaramente la volontà di arginare il potere della chiesa milanese.
Nel territorio varesino occidentale, la chiesa ambrosiana aveva il suo centro più importante a Brebbia, dove era presente con un castello dal 999. Grazie a donazioni ed acquisti, tra il IX e l’XI secolo questa chiesa capo pieve aveva aumentato il proprio controllo sulle vie di comunicazione verso il nord. Ad essa appartenevano terre nelle valli di Blenio e Leventina, che danno accesso rispettivamente ai passi Lucomagno e Gottardo.
Nei secoli XI e XII i benedettini di Fruttuaria erano presenti nel medesimo territorio, oltre che a Voltorre e a Ganna (qui solo a partire dall’inizio del XII secolo), anche a Cardana presso Besozzo, a Contone nella Piana di Magadino, a Giornico in Val Leventina.
In questo modo, il controllo delle vie era garantito dal governo attivo e dall’autorità morale delle istituzioni benedettine, che, al tempo stesso, accordavano alle popolazioni un grado di autonomia maggiore di quello concesso dalla chiesa milanese.
L’abbazia di Ganna controllava la strada per i Passi del Gottardo, del Lucomagno e del San Bernardino; Voltorre e San Donato a Sesto Calende erano sul percorso per il Passo del Sempione e per il Lago Maggiore.
L’importanza delle abbazie del territorio varesino rimase tale fino a circa il XV secolo, quando le mutate condizioni politiche e il venir meno della spinta spirituale dell’ordine benedettino causarono la loro decadenza.