Costruita nella prima metà del '700 appena al di sotto della sommità del colle di Biumo, in posizione dominante rispetto al borgo sottostante, fu ampliata nella seconda metà del XVIII secolo ad opera del marchese Paolo Antonio Menafoglio.
La villa ha pianta ad 'U' rivolta verso il giardino interno e offre a chi le si avvicina dall'esterno una semplice facciata priva degli abbellimenti e della sontuosità di altre costruzioni analoghe.
La scelta progettuale di privilegiare nella ricerca estetica e costruttiva il lato dell'edificio rivolto verso il cortile e il parco era concepita per favorire l'intimità e il benessere dei suoi ospiti, piuttosto che per rappresentare la ricchezza e il potere dei suoi padroni.
Ciò trovò riscontro nei sentimenti degli illustri frequentatori che vi dimorarono, se è vero quanto testimoniano le note stese nel 1762 da Vincenzo Marliani, cronista varesino del Settecanto.
Egli, ricordando la permanenza di Francesco III d'Este presso Paolo Antonio Menafoglio, scrisse che il duca partì con dispiacere di lasciare codesto luogo; lo stesso cronista ricorda, a proposito del soggiorno a Biumo Superiore di Carlo di Firmian nell'agosto del medesimo anno, che il conte, dopo aver sperimentato l'ospitalità del marchese, se ne andò colle lacrime agli occhi per il dispiacere di dover lasciare questo delizioso paese.
E' fuori dubbio che a Francesco III questo delizioso paese piacque, visto che quattro anni più tardi ne divenne il signore, togliendo ai varesini il privilegio della libertà da domini feudali strenuamente difeso nei secoli precedenti. Fu proprio in casa Menafoglio che il 29 giugno1766 avvenne la cerimonia di sottomissione dei reggenti del borgo al duca.
Ospite del Menafogio fu anche Domenico Balestrieri, che gli dedicò il sonetto Al sig. Marchese Don Paolo Antonio Menafoglio per la sua deliziosissima villa in Biumo superiore.
Dopo la morte di Paolo Antonio Menafoglio, nel 1788 la villa passò al marchese don Benigno Bossi, giureconsulto collegiato di Milano, e, dai primi anni del 1800, al duca Antonio Litta.
Dal 1931 è della famiglia Panza. In essa Giuseppe Panza ha collezionato, a partire dalla metà degli anni '50, opere di artisti contemporanei, in particolare americani.
Dal 1996 la villa appartiene al Fondo per l'ambiente italiano, che ne sta curando il restauro con il contributo della Provincia di Varese e di privati.